INF-BIO9120 – Dypsekvenserings-teknologier og bioinformatisk analyse

Kort om emnet

Emnet gir kunnskap om moderne sekvenserings-teknologier og deres bruksomr?der. Emnet formidler anvendelse av bioinformatiske metoder for analyse av resulterende sekvensdata. Temaer som undervises inkluderer kvantitet- og kvalitetskontroll av data, analyse av mikro-RNA og mRNA-sekvenser, eksom-sekvensering, SNP-identifikasjon, de novo sammenstilling av genomer, og bruk av rammeverkene Galaxy og The Genomic Hyperbrowser i analysene.

Hva l?rer du?

Gjennom dette emnet oppn?r du forst?else for hvordan du analyserer ulike typer genomiske data ved bruk av dypsekvenseringsteknologier:

  • Du behersker kvantitet- og kvalitetskontroll av sekvensdata.
  • Du kan analysere data fra eksom-sekvensering, mikro-RNA og mRNA-sekvenser.
  • Du kan p?vise varianter (SNPs og indels).
  • Du har kjennskap til "de novo"-sammenstilling av genomer.
  • Du har kompetanse i bruk av rammeverkene Galaxy og The Genomic Hyperbrowser.
  • Du har kunnskap om aktuelle metoder.

Opptak og adgangsregulering

Ph.d.-kandidater ved UiO s?ker plass p? undervisningen og melder seg til eksamen i Studentweb.

Hvis emnet har begrenset kapasitet, vil ph.d.-kandidater som har emnet i sin utdanningsplan ved UiO bli prioritert. Noen nasjonale forskerskoler kan ha egne regler for rangering av s?kere til emner med begrenset kapasitet.

Ph.d.-kandidater som har opptak ved andre utdanningsinstitusjoner m? innen angitt frist s?ke om hospitantplass.

Forkunnskaper

Anbefalte forkunnskaper

Det anbefales at studenter fra informatikk har INF4350 og at studenter fra biologi/molekyl?r biovitenskap har MBV3070.

Undervisning

Intensivundervisning over to uker midt i h?stsemesteret.

Det kreves oppm?te p? minst 2/3 av undervisningen.

Eksamen